К главным угрозам национальной безопасности Судана следует отнести кризисную ситуацию в экономике страны, растущую внутриполитическая напряженность, вооруженный конфликт в западном регионе Дарфур, противостояние с Республикой Южный Судан (РЮС) и связанная с ним повстанческая деятельность в южных штатах Голубой Нил и Южный Кордофан.
В последние годы экономическое и финансовое положение Судана неуклонно ухудшается. Утрата основных нефтяных месторождений после отделения Южного Судана в 2011 г. и прекращение транспортировки южносуданской нефти через суданскую территорию резко сократили поступления в государственную казну, обусловили хронический рост дефицита госбюджета, привели к «галопирующей инфляции» и обвалу национальной валюты. Сократились зарубежные инвестиции. Действующие с 1997 г. американские политические и экономические санкции также негативно сказываются на состоянии суданской экономики. Ситуация усугубляется тем, что в условиях сохранения повстанческих движений и противостояния с Южным Суданом правительство вынуждено выделять значительные средства на нужды, связанные с обеспечение безопасности. Быстрыми темпами растет безработица, превысившая 30 проц от работоспособного населения страны.
На фоне кризисной финансово-экономической и социальной ситуации активизируются противники правящего режима и его лидера — президента Судана О. аль-Башира. В стране регулярно происходят массовые протестные выступления против политики властей, перерастающие в беспорядки и столкновения с полицией. В последний раз они имели место в сентябре-октябре текущего года и стали крупнейшими со времени прихода к власти О. аль-Башира в 1989 г. Нынешние акции протеста были вызваны решением правительства об отмене дотаций на топливо, что вызвало резкий скачок цен. О. аль-Башир заявил, что это решение имел цель «предотвратить коллапс экономики» Судана, и отменено не будет. Отметим, что власти сумели достаточно быстро взять ситуацию под контроль, так как протесты носили в целом спонтанный, неорганизованный характер и не были поддержаны руководителями ведущих оппозиционных партий, которые отчетливо осознают, что иного решения по уменьшению бюджетного дефицита быть просто не может. Ведь в случае сохранения субсидий Судан уже в этом году ждал дефолт.
В попытках улучшить экономическую ситуацию в стране правительство готовит новые программы. Их реализация на деле будет означать дальнейшее сокращение бюджетных расходов и различных дотаций, так как денег в казне почти не осталось: финансовые средства, полученные Суданом от нефтяного экспорта и экономического роста в первое десятилетие нового столетия, в значительной степени уже израсходованы. В силу своей жесткости эти меры будут крайне непопулярны среди населения, что, скорее всего, вызовет новую, ещё более мощную волну протестов и беспорядков, которые могут представить реальную угрозу ныне правящему в Судане режиму.
В последнее время нарастает недовольство политикой режима и внутри правящей Партии национального конгресса и, что более серьезно, оппозиция существует в военной среде. Причем недовольство зреет как в армейских верхах, так и непосредственно в войсках, в том числе в частях, дислоцированных в «горячих точках» — в Дарфуре, Южном Кордофане и Голубом Ниле. Начавшееся вынужденное сокращение военных расходов негативно сказывается на усилиях по борьбе с повстанцами, не позволяет осуществлять в необходимом количестве закупки вооружения, военной техники и боеприпасов, ведет к задержкам выплаты военнослужащим денежного довольствия. По оценке экспертов, «военная верхушка все меньше поддерживает главу государства», более того, «можно предположить, что Башир продержится ровно столько времени, сколько понадобится военным найти ему замену среди генералов». Усиливается критика режима и со стороны набирающих силу исламистов, имеющих все шансы на то, чтобы возглавить массовые стихийные протесты в случае их возникновения.
«Одной из ключевых кризисных точек на карте Судана» по праву считается Дарфур. Ситуация в этом регионе более десяти лет серьезно дестабилизирует обстановку в стране в целом. Конфликт в Дарфуре имеет многоплановый характер. Это, прежде всего, противостояние между правительственной армией и повстанческими группировками, заявляющими, что они отстаивают права местного негроидного населения». Кроме того, вооруженное противоборство происходит между враждующими дарфурскими группировками, а также между различными племенами и кланами. В регионе усиливается роль криминальных группировок. Многочисленные попытки, в том числе при международном посредничестве урегулировать ситуацию в Дарфуре, прекратить насилие и наладить устойчивый процесс политического урегулирования особого успеха не имеют. Соглашения о прекращении огня и налаживании диалога, как правило, не соблюдаются или выполняются не в полном объеме. Этому мешают накопившиеся за долгие годы враждебность и взаимное недоверие, а также раздробленность антиправительственных группировок. Ситуация усугубляется тем, что в условиях финансово-экономического кризиса центральное правительство действует по отношению к Дарфуру «по остаточному принципу», сокращая выделение бюджетных средств. В целом предпосылок к улучшению ситуации в Дарфуре не предвидится. Обстановка здесь остается очень сложной, а в ряде случаев просто никем не контролируемой, положение дел с обеспечением безопасности «все более деградирует».
После разделения в 2011 г. Судана на два отдельных государства отношения между ними сразу же приобрели недружественный, напряженный характер. На границе между Суданом и РЮС (до 2000 км) регулярно происходят вооруженные столкновения, порой перерастающие в масштабные боевые действия. К основным противоречиям между Хартумом и Джубой относятся: нерешенность территориально-пограничные проблем (прежде всего, спор о принадлежности нефтеносного района Абъей), проблема транспортировки южносуданской нефти через территорию Судана, поддержка повстанческих группировок, действующих в приграничных районах Судана и Южного Судана. Переговоры, которые ведутся сторонами, в том числе на высшем уровне, к кардинальному решению спорных проблем не привели и во многих случаях не выполняются.
По оценкам экспертов, «складывается впечатление, что Судан и Южный Судан в настоящее время ведут войну на истощение друг друга», однако «большая» война между Хартумом и Джубой вряд ли возможна», так как ни одна из сторон к ней не готова. В 2012-2013 гг. под давлением возможных санкций со стороны Совбеза ООН и учитывая катастрофическое состояние национальных экономик, две страны после длительных и сложных переговоров при посредничестве Африканского союза подписали ряд соглашений по вопросам обеспечения безопасности в районе границы и экономическом сотрудничестве. В частности, была достигнута договоренность о создании буферной демилитаризованной зоны по обе стороны границы и взаимном прекращении поддержки повстанцев (последняя договоренность сторонами не соблюдается). В то же время Хартум и Джуба не смогли и в ближайшее время вряд ли смогут прийти к согласию по демаркации границы и принадлежности района Абьей — проблем, нерешенность которых может вновь спровоцировать вооруженный конфликт.
Еще одной зоной нестабильности в Судане являются граничащие с РЮС штаты Южный Кордофан и Голубой Нил, где местные повстанцы ведут борьбу против хартумского правительства при поддержке Южного Судана. Причем руководство РЮС инициировало объединение ведущей повстанческой группировки – Суданского народно-освободительного движения (Север) с некоторыми дарфурскими группировками в Революционный фронт Судана. На сегодняшний день повстанцы контролируют значительные территории в обоих штатах и не намерены отказываться от вооруженной борьбы. В то же время правительственная армия не в состоянии сломить сопротивление сил противника (до 10 тыс. человек), создавшего хорошо оборудованные позиции в горных районах, что предопределяет длительность конфликта, который оказывает негативное влияние на общую обстановку в Судане.
Сложными остаются отношения между Суданом и Египтом. Здесь одним из главных раздражителей остается неурегулированность вопроса о «треугольнике Халаиб» на побережье Красного моря. В настоящее время эту территорию контролирует Египет. Судан настаивает на том, чтобы «новый» Египет вывел из спорного района свои войска. На сегодняшний день ситуация вокруг Халаиба находится в «замороженном» состоянии, что, однако, не исключает её нового обострения.
Хартум и Каир расходятся также и по жизненно важному для Египта вопросу о строительстве Эфиопией плотины «Возрождение» на реке Голубой Нил. Египтяне требуют от Эфиопии приостановки строительства, в то время как Судан его поддерживает, что в Каире считают «предательством».